COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-16 17:00:00 2.876397 2.876397 3.391348
2021-06-15 17:00:00 2.260976 3.425164 3.386648
2021-06-14 17:00:00 3.780900 3.780900 3.466140
2021-06-13 17:00:00 3.425164 3.425164 3.517688
2021-06-12 17:00:00 3.148297 3.148297 3.548815
2021-06-11 17:00:00 3.461461 3.461461 3.603685
2021-06-10 17:00:00 3.650891 3.650891 3.715264

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-16 17:00:00 2.803738 2.803738 2.773844
2021-06-15 17:00:00 2.401372 2.401372 2.793553
2021-06-14 17:00:00 2.127660 2.810424 2.749051
2021-06-13 17:00:00 1.408451 1.408451 2.815161
2021-06-12 17:00:00 2.172285 2.888446 2.883971
2021-06-11 17:00:00 2.994652 2.994652 2.977291
2021-06-10 17:00:00 3.470320 3.470320 3.071118

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-16 17:00:00 6.751055 6.751055 7.125507
2021-06-15 17:00:00 9.090909 9.090909 7.432720
2021-06-14 17:00:00 1.162791 0.314465 7.662349
2021-06-13 17:00:00 14.673913 14.673913 7.887897
2021-06-12 17:00:00 3.768116 3.768116 8.091142
2021-06-11 17:00:00 15.805471 9.422492 8.552551
2021-06-10 17:00:00 9.326425 9.326425 8.432952

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-16 17:00:00 2.896007 2.896007 3.597968
2021-06-15 17:00:00 1.580247 3.555556 3.586540
2021-06-14 17:00:00 2.163462 0.878263 3.622633
2021-06-13 17:00:00 4.989605 4.989605 3.817265
2021-06-12 17:00:00 3.857281 3.857281 3.857478
2021-06-11 17:00:00 5.747126 5.747126 4.070087
2021-06-10 17:00:00 3.945372 3.945372 4.293831

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-16 17:00:00 16.356513 16.356513 5.127908
2021-06-15 17:00:00 18.085106 18.085106 4.676984
2021-06-14 17:00:00 19.512195 44.390244 4.567225
2021-06-13 17:00:00 3.667665 3.667665 4.355472
2021-06-12 17:00:00 3.063565 3.063565 4.159919
2021-06-11 17:00:00 3.236825 3.236825 4.096940
2021-06-10 17:00:00 3.219347 3.219347 4.059916

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-16 17:00:00 3.935310 3.935310 6.740569
2021-06-15 17:00:00 2.323330 2.323330 6.785587
2021-06-14 17:00:00 17.838542 17.838542 7.181582
2021-06-13 17:00:00 10.049020 10.049020 7.395016
2021-06-12 17:00:00 6.885246 6.885246 7.521002
2021-06-11 17:00:00 9.229748 9.229748 7.707632
2021-06-10 17:00:00 8.006626 8.006626 8.055912

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-16 17:00:00 2.777778 2.777778 1.868768
2021-06-15 17:00:00 1.096892 1.096892 2.023836
2021-06-14 17:00:00 1.049869 0.372439 2.082818
2021-06-13 17:00:00 1.222222 1.222222 2.094237
2021-06-12 17:00:00 2.616279 2.616279 2.147116
2021-06-11 17:00:00 2.035398 2.035398 2.166450
2021-06-10 17:00:00 3.984820 3.984820 2.113157

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-16 17:00:00 3.770103 3.770103 3.854624
2021-06-15 17:00:00 2.957393 2.957393 3.658316
2021-06-14 17:00:00 5.167598 2.935731 3.749248
2021-06-13 17:00:00 4.124716 4.124716 3.673992
2021-06-12 17:00:00 4.539164 4.539164 3.566953
2021-06-11 17:00:00 4.483948 4.483948 3.474485
2021-06-10 17:00:00 4.864594 4.864594 3.434344

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-16 17:00:00 1.127214 1.127214 0.994294
2021-06-15 17:00:00 0.601504 0.601504 1.045231
2021-06-14 17:00:00 0.768049 0.374392 1.065163
2021-06-13 17:00:00 1.351351 0.751880 1.172695
2021-06-12 17:00:00 1.528384 1.528384 1.235030
2021-06-11 17:00:00 0.805802 0.805802 1.280991
2021-06-10 17:00:00 1.995723 1.995723 1.361977

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-16 17:00:00 2.126952 2.126952 2.108467
2021-06-15 17:00:00 1.528769 1.528769 2.144214
2021-06-14 17:00:00 1.560588 2.152387 2.114210
2021-06-13 17:00:00 2.240823 2.240823 2.165560
2021-06-12 17:00:00 1.933869 1.933869 2.235664
2021-06-11 17:00:00 2.093348 2.093348 2.309612
2021-06-10 17:00:00 2.950792 2.950792 2.345567

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-16 17:00:00 2.165795 2.165795 2.277375
2021-06-15 17:00:00 1.437556 1.437556 2.350369
2021-06-14 17:00:00 1.094891 0.256191 2.367976
2021-06-13 17:00:00 3.163950 3.163950 2.587690
2021-06-12 17:00:00 3.177570 3.177570 2.861630
2021-06-11 17:00:00 3.420843 3.420843 3.104366
2021-06-10 17:00:00 3.365033 3.365033 3.208626

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-16 17:00:00 0.254453 0.254453 0.788473
2021-06-15 17:00:00 2.673797 1.069519 0.848075
2021-06-14 17:00:00 2.721088 1.108033 0.878223
2021-06-13 17:00:00 0.649351 0.649351 0.902444
2021-06-12 17:00:00 1.149425 1.149425 0.907451
2021-06-11 17:00:00 0.247525 0.247525 0.900322
2021-06-10 17:00:00 1.188119 1.188119 0.922549

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-16 17:00:00 4.444444 4.444444 3.677732
2021-06-15 17:00:00 1.415094 1.415094 3.804241
2021-06-14 17:00:00 0.000000 0.000000 3.809037
2021-06-13 17:00:00 18.604651 18.604651 4.101479
2021-06-12 17:00:00 2.780049 6.570048 4.246170
2021-06-11 17:00:00 2.202643 2.202643 4.220195
2021-06-10 17:00:00 4.810997 4.810997 4.390097

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-16 17:00:00 0.505689 0.505689 1.637672
2021-06-15 17:00:00 1.258993 1.258993 1.814411
2021-06-14 17:00:00 1.869159 0.305344 1.923874
2021-06-13 17:00:00 2.222222 2.222222 2.047557
2021-06-12 17:00:00 1.345291 1.345291 2.195086
2021-06-11 17:00:00 3.498542 3.498542 2.301602
2021-06-10 17:00:00 2.089552 2.089552 2.473424

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-16 17:00:00 1.666667 1.666667 2.113874
2021-06-15 17:00:00 1.374633 1.374633 2.157956
2021-06-14 17:00:00 3.063380 3.063380 2.195431
2021-06-13 17:00:00 1.966011 1.966011 2.260847
2021-06-12 17:00:00 1.648654 1.648654 2.377189
2021-06-11 17:00:00 2.552157 2.552157 2.503190
2021-06-10 17:00:00 2.990613 2.990613 2.664757

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-16 17:00:00 6.345609 6.345609 7.236514
2021-06-15 17:00:00 7.777266 7.777266 7.110768
2021-06-14 17:00:00 2.718334 2.718334 7.193501
2021-06-13 17:00:00 11.496063 11.496063 7.430242
2021-06-12 17:00:00 10.937500 10.937500 7.513171
2021-06-11 17:00:00 7.808143 7.808143 7.484585
2021-06-10 17:00:00 4.963680 4.963680 7.689544

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-16 17:00:00 1.715511 1.715511 1.506490
2021-06-15 17:00:00 1.403957 1.403957 1.458999
2021-06-14 17:00:00 3.179487 3.179487 1.409404
2021-06-13 17:00:00 0.717080 0.717080 1.431087
2021-06-12 17:00:00 0.806127 1.264223 1.436248
2021-06-11 17:00:00 1.024390 1.024390 1.523781
2021-06-10 17:00:00 0.698273 1.225411 1.609367

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-16 17:00:00 2.670482 2.670482 4.497347
2021-06-15 17:00:00 3.248335 3.248335 4.652546
2021-06-14 17:00:00 5.747532 5.747532 4.880723
2021-06-13 17:00:00 5.998033 5.998033 5.104002
2021-06-12 17:00:00 5.962367 5.962367 5.169930
2021-06-11 17:00:00 5.146089 5.146089 5.300562
2021-06-10 17:00:00 5.304445 5.304445 5.421438

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-16 17:00:00 2.061856 2.061856 2.173683
2021-06-15 17:00:00 1.093211 1.093211 2.188088
2021-06-14 17:00:00 4.057397 1.634606 2.263649
2021-06-13 17:00:00 2.583491 2.583491 2.350623
2021-06-12 17:00:00 3.087333 3.087333 2.401559
2021-06-11 17:00:00 2.511612 2.511612 2.430633
2021-06-10 17:00:00 2.843137 2.843137 2.494135

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-16 17:00:00 2.251407 2.251407 2.945580
2021-06-15 17:00:00 3.354633 3.354633 3.137648
2021-06-14 17:00:00 2.040816 0.723327 3.119586
2021-06-13 17:00:00 2.558140 2.558140 3.248035
2021-06-12 17:00:00 4.861111 4.861111 3.472307
2021-06-11 17:00:00 2.787456 2.787456 3.675739
2021-06-10 17:00:00 5.235602 5.235602 3.676566

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-16 17:00:00 0.961538 0.961538 1.759991
2021-06-15 17:00:00 1.840491 1.840491 2.045994
2021-06-14 17:00:00 5.128205 1.619433 2.155265
2021-06-13 17:00:00 0.645161 0.645161 2.335647
2021-06-12 17:00:00 1.600000 1.600000 2.493223
2021-06-11 17:00:00 2.797203 2.797203 2.689376
2021-06-10 17:00:00 6.666667 2.916667 2.838204

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-16 17:00:00 3.619130 3.619130 5.524504
2021-06-15 17:00:00 1.082504 4.596273 5.726165
2021-06-14 17:00:00 2.865762 12.141780 5.666741
2021-06-13 17:00:00 8.018433 8.018433 5.599835
2021-06-12 17:00:00 4.977712 4.977712 5.616425
2021-06-11 17:00:00 5.992218 5.992218 5.629514
2021-06-10 17:00:00 5.060380 5.060380 5.596909

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 2.803738 2.803738 2.773844
Basilicata 6.751055 6.751055 7.125507
Calabria 2.896007 2.896007 3.597968
Campania 16.356513 16.356513 5.127908
Emilia-Romagna 3.935310 3.935310 6.740569
Friuli Venezia Giulia 2.777778 2.777778 1.868768
Lazio 3.770103 3.770103 3.854624
Liguria 1.127214 1.127214 0.994294
Lombardia 2.126952 2.126952 2.108467
Marche 2.165795 2.165795 2.277375
Molise 0.254453 0.254453 0.788473
P.A. Bolzano 4.444444 4.444444 3.677732
P.A. Trento 0.505689 0.505689 1.637672
Piemonte 1.666667 1.666667 2.113874
Puglia 6.345609 6.345609 7.236514
Sardegna 1.715511 1.715511 1.506490
Sicilia 2.670482 2.670482 4.497347
Toscana 2.061856 2.061856 2.173683
Umbria 2.251407 2.251407 2.945580
Valle d'Aosta 0.961538 0.961538 1.759991
Veneto 3.619130 3.619130 5.524504

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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